Kryzys kościoła zakończył się schizmą wschodnią w 1054 r. (różnice w wierze, hegemonia pomiędzy cesarzem, a papieżem, komunia pod dwiema postaciami)

Kościół został wciągnięty w mechanizmy ustroju feudalnego, a biskupi przez inwestyturę stawali się lennikami władców ze wszystkimi tego konsekwencjami (wojny feudalne). Władcy przy wyborze duchownych nie kierowali się warstwami duchowymi, lecz mianowali ludzi sobie uległych

Skutkami feudalizmu Kościoła było:

- inwestytura

- nikolaizm – zerwanie z celibatem

- symonia – sprzedaż stanowisk i godności kościelnej

- rozkład obyczajów

Zepsucie objęło wszystkie szczeble hierarchii kościelnej. Więc jednym z najpiękniejszych zadań kościoła stało się wprowadzenie celibatu, godności urzędów. Zaczęto nawoływać do reformy. Wzorem reformy było opactwo benedyktyńskie, gdzie przeprowadzono reformę życia mnichów. Działalność zakonu do którego przyłączyły się też inne znalazło uznanie papiestwa, a dzięki lansowaniu przez kościół ,,pokoju Bożego” zmalała ilość wojen.

Papiestwo chciało też uniezależnić się od cesarstwa, dlatego w 1059 roku wprowadzono dekret o wyborze papieża w tzw. Konklawe.

W 1073 r. nowym papieżem zostaje Grzegorz VI, który uważał, że wszyscy powinni podporządkować się papiestwu. Swoje reformy rozpoczął od zakazu mianowania biskupów przez świeckich. Lecz nie zgadzał się na to cesarz Henryk IV, który chciał usunąć papieża został obłożony ekskomuniką. Przez bunt społeczeństwa musiał ukorzyć się przed papieżem.

Ostatecznie w 1122 roku zostało podpisane porozumienie (konkordat), pomiędzy papieżem i cesarzem. W konsekwencji czego rozdzielono władzę świecką od duchownej.

Z czasem w wielu wsiach istniała możliwość budowania i utrzymywania parafii, gdzie kościół zapewniał elementarne wyszkolenie.

Pogłębianie się życia religijnego przyczyniło się do powstania Nowego zakonu – cystersów. Ich założycielem był św. Bernard z Clairraux. Zakonnicy uważali, że każdy z nich powinien wyrzec się wszelkiego majątku i żyć w pracy w pokorze, modlitwie i umartwianiu. Powstaje też zakon dominikanów i franciszkanów. Idee rozszerzenia chrześcijaństwa były popularne w średniowieczu, dlatego organizowano wyprawy misyjne. Popularne też były pielgrzymki (w różnych intencjach), np. do Rzymu, Asyżu, Ziemi Świętej